La carrera profesional de Jerdy Schouten comenzó de manera relativamente tranquila. Como centrocampista ofensivo, apenas tuvo minutos de juego en el ADO Den Haag, por lo que decidió continuar su desarrollo en el Telstar. Allí destacó, lo que le valió un traspaso al Excelsior. Schouten también dejó huella en Rotterdam: tras una sola temporada, se trasladó al FC Bolonia de Italia.

En la Serie A, se convirtió en un centrocampista defensivo de nivel. El Bolonia vio en él al controlador perfecto, y con éxito: en tres temporadas, el surholandés alcanzó los 109 partidos con los "Rossoblu".

Sus buenas actuaciones no pasaron desapercibidas. En el verano de 2023, el PSV lo fichó como sucesor de Ibrahim Sangaré, que se marchó al Nottingham Forest. Schouten se convirtió en un fijo en el centro del campo de Eindhoven y llamó la atención del seleccionador nacional Ronald Koeman. En 2024, fue seleccionado para la Eurocopa de Alemania, coronando así su ascenso en el fútbol de primera división.